В 1996 году работал главным инженером МУП «Жилищник». С 1997 по 2009 гг. - директором МУП «ЖРЭП-4», а с 2009 по 2011 г.г. - коммерческим директором ООО «ЖРЭП-4».
В октябре 2011 г. Евгений Михайлов был назначен заместителем начальника управления ЖКХ администрации города.
С января 2012 г. по март 2014 г. работал начальником управления. С 2019 года - руководитель МКУ «Благоустройство» г. Владимира.