Основателем и первым директором музея стал Алексей Дмитриевич Варганов — архитектор-реставратор, историк и краевед. 4 января 1960 года директором стала Алиса Ивановна Аксёнова, с приходом которой начался новый этап в истории музея. Под её руководством Владимиро-Суздальский музей-заповедник превратился в одно из ведущих музейных объединений России. В 1960–1970-е годы в Суздале прошла масштабная реставрация: восстановлены свод Крестовой палаты, Рождественский собор XIII века, комплекс Спасо-Евфимиева монастыря, создан Музей деревянного зодчества.